O e-CNPJ e NF-e permitem individuos previamente autorizados representarem legalmente empresas via utilização eletrônica, otimizando rotina nos diversos ramos da atividade humana, neste contexto, emerge o certificado digital para otimizar rotina e facilitar o trabalho de gestão. O e-CNPJ é documento tipo Certificado Digital ICP-Brasil, que permite pessoas jurídicas se identificarem digitalmente substituindo documento do representante legal da empresa, quer dizer, em vez de utilizar documento de identificação de papel o e-CNPJ serve para essa identificação no meio eletrônico. O e-CNPJ na classificação dos certificados digitais é considerado Certificado Digital tipo A, que possibilita confirmar integridade de qualquer documento assinado digitalmente com esse tipo de certificado. Já a NF-e é a Nota Fiscal eletrônica, modelo de Certificado Digital ICP-Brasil utilizado por pessoas jurídicas, servindo para assinar digitalmente documentos fiscais e validar sua integridade, sendo que a NF-e se assemelha ao e-CNPJ pois ambos possuem validade jurídica.
O e-CNPJ e a NF-e concentram utilidades à empresa sendo o e-CNPJ mais usado para assinar qualquer modalidade de documento digital com validade jurídica, isto é, pode-se utilizar a ferramenta para assinar documentos de aquisição de bens imóveis ou aluguel em nome da empresa, útil, em assinatura de documentos contratuais entre empresas, clientes e fornecedores. Tais certificados digitais permitem firmar acordos, parcerias e contratação de serviços em qualquer setor da companhia e, dentre as atribuições do Certificado Digital e-CNPJ estão envio de documentos, informações previdenciárias e trabalhistas aos órgãos gestores desses serviços. O titular pode efetuar pagamentos de tributos e realização de movimentações bancárias semelhantes à NF-e, sendo que o e-CNPJ pode servir à emissão de notas fiscais eletrônicas enquanto a função mais relevante da NF-e é assinatura e emissão de notas fiscais destacando a Nota Fiscal Eletrônica, Nota Fiscal de Serviço Eletrônico, Nota Fiscal Avulsa Eletrônica e etc. Uma questão importante em relação a NF-e é a permissão de emissão por funcionários da empresa, ou seja, não precisa necessariamente ser o titular na Receita Federal, otimizando a gestão do serviço, pois o empreendedor pode nomear um responsável pela emissão da NF-e sem o compartilhamento de dados sensíveis como senhas.
Moral da Nota: das modalidades de certificados digitais o e-CNPJ é o único modelo que permite acesso a todos os setores e processos que a empresa necessita realizar, daí, a possibilidade de utilização por sócios e representantes legais facilitando a rotina de gestão. O e-CNPJ só pode ser utilizado pelo empresário, sócio e representante legal da empresa designado, por outro lado, o certificado NF-e é utilizado tanto pelos representantes legais como funcionários previamente autorizados, flexibilizando soluções no espaço corporativo, permitindo designar colaborador para responder pela emissão de notas sendo que ao emitir a nota fiscal, o sócio não terá acesso aos demais documentos da empresa como e-CAC da Receita Federal ou do Sistema da Conectividade Social, FGTS, por exemplo. Outra diferença entre tais certificados é que o NF-e é de uso exclusivo à emissão da Nota Fiscal Eletrônica, assegurando veracidade dos dados do documento, sendo que a organização pode ter mais de um certificado digital já que o e-CNPJ só pode ser utilizado pelos proprietários e sócios da empresa.